La première mention connue de cette église date de 1246, sous le nom de Sancti Leonis, selon Cécile Hallibert, dans une confirmation de l'immunité de l'église au précepteur du Temple d'Agen par le Pape Innocent IV. Un acte rédigé par Bernard de Rovignan, seigneur de Galapian, en 1271 mentionne son don à Arnaud d'Orson, commandeur d'Argentens, de ses terres et bois au lieu de Lescars, des redevances, droits et seigneuries qu'il possédait dans les paroisses de Saint-Jean de Perchet, Saint-Pierre de Comerase (Caubeyres), de Saint-Michel, de Saint-Cric et de Saint-Léon. Le 2 Juillet 1281 un compromis est signé entre les templiers et le seigneur de Villefranche, dans l'église de Saint-Léon par lequel les Templiers conservent la forge et le monopole de la vente des vins. Cette dépendance de la Commanderie d'Hospitaliers d'Argentens fut construite probablement à la fin du 13e siècle ou au début du 14e siècle sur un plan allongé à chevet plat, avec un clocher-tour fortifié et peut-être surmonté d'une salle haute ; un bâtiment était vraisemblablement adossé à l'ouest comme à Pompiey ou Puy-Fort-Eguille (cantons de Lavardac et Nérac). Quatre chapelles bordant la nef ont été ajoutées dans la 1ère moitié du 16e siècle modifiant le plan allongé en plan en croix latine. La chapelle nord-ouest a été détruite postérieurement formant aujourd'hui un porche d'entrée couvert d'un appentis. On remarque que la chapelle sud-ouest a un appareil mixte qui pourrait avoir été construit avec des réemplois du bâtiment occidental ; les reprises en brique à l'angle sud-ouest semblent dater du 16e siècle, ainsi que la porte en arc brisé en brique. La porte intérieure du clocher donnant dans l'église est probablement du 16e siècle selon la modénature du linteau chanfreiné. La sacristie a été construite au 18e siècle. La partie supérieure du clocher a été rehaussée peut-être au 19e siècle de 9 assisses. D'importants travaux ont été exécutés entre 1867 et 1872 par l'architecte diocésain Olivier et l'architecte du département Léopold Payen : percement de la fenêtre axiale, ouverture de la porte de l'église (avec réemplois de matériaux ?) et probablement réfection des voûtes de la nef. (source : https://pop.culture.gouv.fr/notice/merimee/IA47001132 )
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